Er zijn verschillende verschillende kleuringen die kunnen worden gebruikt om DNA te visualiseren en te fotograferen nadat het materiaal is gescheiden door gelelektroforese. Onder de vele keuzes zijn deze vijf stammen het meest voorkomende begin met Ethidiumbromide, dat het meest wordt gebruikt. Bij het werken met dit proces is het belangrijk om niet alleen de verschillen tussen de stammen te kennen, maar ook de inherente gezondheidsrisico's.
01 Ethidiumbromide
Ethidiumbromide is waarschijnlijk de meest bekende kleurstof die wordt gebruikt voor het visualiseren van DNA. Deze kleurstof kan worden gebruikt in het gelmengsel, in de elektroforesebuffer of om de gel te kleuren nadat deze is gelopen. Moleculen van de kleurstof hechten zich aan DNA-strengen en fluoresceren onder UV-licht, en tonen u precies waar de banden zich in de gel bevinden. Ondanks het voordeel is het nadeel dat ethidiumbromide een potentieel carcinogeen agens is, dus het moet met grote zorg worden behandeld. Vanwege de potentiële gezondheidsrisico's van het werken met deze gel zijn er alternatieven gevonden. 02 SYBR Gold
SYBR Gold-kleurstof kan worden gebruikt voor het kleuren van dubbel of enkelstrengig DNA of voor het kleuren van RNA. SYBR Gold was een van de eerste alternatieven voor ethidiumbromide op de markt en het wordt als gevoeliger dan ethidiumbromide beschouwd. De kleurstof vertoont een 1000-voudig grotere UV-fluorescentie zodra deze is gebonden aan nucleïnezuren. Het penetreert vervolgens dikke en hoge percentage agarose gels en kan worden gebruikt in formaldehydegels. Omdat fluorescentie van het ongebonden molecuul zo laag is, is ontkleuring niet vereist. Licentiehouder Molecular Probes heeft ook (sinds de lancering van SYBR Gold) SYBR Safe en SYBR Green ontwikkeld en op de markt gebracht, wat veiliger alternatieven zijn voor ethidiumbromide.
03 SYBR Groen
De vlekken SYBR Green I en II (wederom op de markt gebracht door Molecular Probes) zijn geoptimaliseerd voor verschillende doeleinden. Omdat ze zich binden aan DNA, worden ze nog steeds beschouwd als potentiële mutagenen en daarom moeten ze voorzichtig worden behandeld. SYBR Green I is gevoeliger voor gebruik met dubbelstrengs DNA, terwijl SYBR Green II daarentegen het beste geschikt is voor gebruik met enkelstrengig DNA of RNA. Net als de populaire Ethidium Bromide-kleuring fluoresceren deze zeer gevoelige vlekken onder UV-licht. 04 SYBR Veilig
SYBR Safe is ontworpen als een veiliger alternatief voor Ethidium Bromide en andere SYBR-vlekken. Het wordt niet als een gevaarlijk afval beschouwd en kan over het algemeen worden afgevoerd via de reguliere riolering (dwz in de afvoer), omdat toxiciteitstests aangeven dat er geen acute toxiciteit is. Testen duidt er ook op dat er weinig of geen genotoxiciteit is op Syrische Hamster Embryo (SHE) -cellen, menselijke lymfocyten, muizenlymfoomcellen en in de AMES-test. De vlek kan worden gebruikt met een blauwlicht transilluminator die minder schade aan het te visualiseren DNA veroorzaakt en betere efficiëntie biedt voor later klonen. 05 Eva Green
Eva Green is een groene fluorescerende kleurstof waarvan is gevonden dat ze PCR in mindere mate remt dan andere kleurstoffen. Dit maakt het zeer nuttig voor toepassingen zoals kwantitatieve real-time PCR. Het is ook een goede keuze als u gelen met laag smeltpunt gebruikt voor het terugwinnen van DNA. Het is zeer stabiel bij hoge temperaturen en heeft op zich een zeer lage fluorescentie, maar is zeer fluorescerend wanneer het aan DNA is gebonden. Van Eva Green is ook aangetoond dat ze een zeer lage of geen cytotoxiciteit of mutageniciteit hebben.